Os ecossistemas naturais, especialmente os aquáticos, vêm sofrendo graves processos de contaminação em consequência da expansão de atividades antrópicas em suas áreas de influência. As emissões poluidoras são constituídas, na maioria das vezes, pela mistura de diversos poluentes, o que torna difícil sua identificação e quantificação. A degradação contínua destes corpos hídricos resulta em baixa qualidade da água, oferecendo grande risco de disseminação de doenças, além de prejuízos ambientais associados. Considerando que as águas poluídas por efluentes oriundos de resíduos humanos e de animais transportam bactérias, vírus, fungos, protozoários e organismos multicelulares que podem causar várias doenças e que muito se tem pesquisado a respeito de bactérias, vírus e helmintos com transmissão associada à água contaminada, mas pouco se sabe sobre o papel deste veículo na transmissão de fungos patogênicos ou oportunistas, o presente trabalho objetivou estudar a microbiota fúngica patogênica presente em dois importantes ecossistemas integrantes da Bacia do rio Cocó, Fortaleza-CE. Para tanto, em maio de 2011 foi realizada coleta de água das Lagoas do Porangabussu e do Opaia. O isolamento fúngico ocorreu em meio Sabouraud Dextrose Agar adicionado de cloranfenicol, por plaqueamento em spread-plate e a identificação das cepas de fungos filamentosos foi obtida por microscopia de campo claro e testes morfológicos.